１９４７年７月２２日、立教女学院　聖マーガレット礼拝堂を聖堂として「聖マーガレット教会」は杉並区松庵に設立、認可されました。
１９７５年１０月１０日、現在地に「聖マーガレット教会、会館」が完成し、日曜日の礼拝ならびに諸集会、行事が開かれています。
１９７９年１０月１４日、パイプ・オルガンが設置され、礼拝のときの奏楽、聖歌伴奏に素晴らしい音色を奏でています。
日曜日の礼拝には１３０名前後の人々が集まり、ともに感謝し陪餐を受けます。昼食をみんなでいただきながらの懇親、諸集会への参加など、みなさん自由に過ごしています。
はじめて教会を訪ずれるかた、もちろん大歓迎でお待ちしております。
現在、東北教区大館聖パウロ教会と友好教会の関係にあります。

２００７年には教会創立６０周年を迎え、伝統の継承と新しい信仰を育む火種をおこそうという主旨で、未来の教会の進むべき方向について考え、出来ることから実行しつつあります。

なお、主日聖餐式には手話のサービスが出来ます。日曜日の礼拝に手話通訳をご希望のかたは、事前に教会あてにお問い合わせください。